All'inizio del percorso, nell'atmosfera irreale creata dai supporti audiovisivi con l'espediente scenico del "condotto di fuoco" e un filmato tridimensionale, i visitatori sono catapultati nel bel mezzo di un'eruzione vulcanica, oltre cinquecentomila anni indietro. L'emozionante racconto della nascita e della trasformazione del nostro territorio prosegue attraverso un articolato percorso contraddistinto da cinque sezioni (Geologia, Paleontologia, Antropologia, Preistoria e Protostoria) che favoriscono l'interattività con il visitatore, spiegando fenomeni svoltisi su vasta scala e in tempi lunghissimi mediante un'importante raccolta di fossili e materiali archeologici, ma anche attraverso filmati, plastici ricostruttivi (come quello dei dinosauri della sala di Paleontologia), e scenografiche ambientazioni. Il visitatore ha la possibilità di entrare in una "vera" grotta preistorica e in una capanna dell'età del Ferro (realizzata secondo le antiche tecniche), e venire così a contatto diretto con le abitudini e le usanze dei nostri progenitori.
Un nuovo strumento didattico, che fa della capacità comunicativa uno dei punti di forza di questo Museo, è l'"Itinerario Bimbi": un percorso di lettura ad altezza di bambino presente in tutte le sezioni, in cui i contenuti dei sovrastanti pannelli descrittivi italiano/inglese sono raccontati dal Vulcano Laziale, con una grafica accattivante e un linguaggio semplice e divertente. Elemento cardine nella storia dei Colli Albani, tanto da determinarne l'aspetto con le sue esplosioni incandescenti, il Vulcano diventa la voce fuori campo e la mascotte-guida dei visitatori più giovani.
Attivare gesti/azioni che stimolino nel visitatore curiosità , emozione, memoria e manualità sono i principi ispiratori di questo Museo dove "È vietato non toccare".